國道高速公路預計於民國101年12月開始全面計程電子收費，實現用路人「走多少、付多少」公平計程收費之目標。實施計程收費後，預期高速公路行車將更為順暢，用路人可節省行旅時間與油耗成本，發揮節能減碳之社會效益，期待社會各界給予政策支持。
計程收費政策係於電子收費規劃以BOT模式推動時即已確立，而計程收費觀念係自高速公路通車收費以來，即有民眾陸續反映計次收費並不公平。
(1)對短程者不公平：現行收費站間距約35公里，交流道間距約10公里以下，例舉五股~林口 7公里付費40元，內湖~中壢 50餘公里同樣付40元，顯見收費之不公平。
(2)對長程者不公平：都會區短程旅次多不用繳費，此類短程交通量影響該路段之通暢，亦即干擾長程繳費者之使用順暢道路之權益。
基於上述民意反映而有仿日本匝道計程收費之建議，惟以往因增加匝道收費站用地與人力考量，難以落實計程收費，現藉由電子收費技術克服用地、人力問題，政策面於是朝計程收費規劃，並預計於民國101年12月完成計程電子系統建置，開始全面實施計程電子收費。
未來實施計程收費未裝OBU之用路人如何上路與繳費?因目前並未強制立法規定需裝設OBU方可上高速公路，故未來無OBU之用路人仍可行駛高速公路。針對未裝設OBU之用路人，將規劃自動補繳期限期補繳，倘期限内未自動補繳，則由遠通電收公司以影像為佐證資料寄發欠費通知單，請用路人補繳通行費。
另為便利低用量或不常使用高速公路之用路人完成繳交通行費手續，本局已要求遠通電收公司研議未來高速公路實施按里程計費時，提供用路人更多元化配套措施如租借e通機，上國道前先電話或網路預約，以減少用路人繳費之困擾。
關於民眾所關心之計程費率為何?目前本局針對計程費率相關議題，業已委託專業學術機構進行專案研究，全案將進行國道路網交通量調查及運量預測，並在符合償本、使用者付費兩大原則下，通盤考量各項工程建設計畫、國道基金財務自償率之限制及財務現況等，研擬最適計程通行費率。預計於民國99年4月提出具體研究成果，目前媒體所載之費率，均屬臆測，未來倘有具體研究結果，本局將會適時向社會大眾提出說明。