秘書室，設公關研考科、文書檔案科、事務科及出納科等4科，職掌業務如下：
一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、本局與所屬機關辦公廳、宿舍等不動產之取得及管 理配置。
四、本局與所屬機關辦公廳、宿舍新建、擴建、遷建等 營繕工程之審查、協調及督導。
五、本局與所屬機關辦公廳、宿舍、檔案、財產、車輛 管理之督導考核及工程施工查核。
六、國會聯絡、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行 及管考。
七、工友（含技工、駕駛）及駐衛警之管理。
八、本局災害防救之聯繫及安全防護。
九、不屬其他各組、室事項。
各科之職掌
一、公關研考科
(一)業務報導。
1.新聞稿發布作業事宜。
2.機關行銷推廣業務及錄製影音等。
3.受理申請使用高速公路轄管場域拍攝影片事宜。
4.配合媒體專訪、採訪事宜。
(二)新聞資料之蒐集、分析及整理。
(三)外賓參訪接待。
(四)重大輿情回應追踨管考。
(五)政府出版品申請及管理。
(六)為民服務業務管考。
(七)國會聯絡協調。
(八)1968營運管考作業。
1.1968客服中心營運報告
2.1968客服中心委外營運分期撥付契約款項
(九)社群網站臉書粉絲團管理作業
1.交通部臉書粉絲團執行成效分析報告
2.臉書粉絲團維運案分期撥付契約款項
(十)全局活動照片蒐集彙整
二、文書檔案科
(一)印信典守事項。
(二)文書管理事項。
1.文書處理作業相關要點及計畫。
2.局內組室文書檢核及管考報告。
3.文書及檔案教育訓練。
4.文書例行稽催作業。
5.郵務報銷作業。
(三)檔案管理事項。
1.檔案銷毀、移轉、移交審查。
2.檔案分類及保存年限區分表修定。
3.檔案清查、鑑定。
4.實體檔案銷毀。
5.檔案管理相關計畫。
(四)所屬機關文書與檔案管理作業考核。
三、事務科
(一)本局事務性零星採購及零用金管理。
(二)本局事務性之勞務及財物採購作業。
1.公告金額 1/10 以上者(10 萬元以上)。
2.公告金額 1/10 以下者(未達 10萬元)。
(三)財產(動產)管理。
1.財產(動產)增減移動、月報年報 等。
2.財產(動產)報廢與轉報。
3.財產(動產)移撥讓售遺失遭竊意外事故等情形。
4.財產(動產)盤點考核。
(四)辦公廳舍、公務宿舍及其附屬設施之修繕、維護與管理。
1.公告金額 1/10 以上者(10 萬元 以上)。
2.公告金額 1/10 以下者(未達 10 萬元)。
(五)駕駛、技工、工友及駐衛警之管理。
1.駕駛、技工、工友之僱用與解僱事項。
2.駕駛、技工、工友之考核與獎懲案件核定事項。
3.駕駛、技工、工友之差假與加班核定：
(1)5日以內(含)差假之核定。
(2)5日以上(不含)差假之核定。
(3)法定加班時數以內加班之核定。
(4)超過法定加班時數加班之核定。
4.駕駛、技工、工友服務證明之核發。
5.工友管理之法令釋疑及核轉。
(六)公務車輛之調度與管理。
1.公務車輛採購或租賃申請。
2.公務車輛調度及人員之調派。
3.公務車輛保養與送修。
4.公務車輛各項稅額繳納。
5.公務車輛用油請購及核銷。
(七)環境衛生之維護與管理。
(八)各種集會場所之佈置及管理。
(九)中央公教住宅貸款之辦理。
(十)勞保業務之辦理。
(十一)事務性年度預算編列及執行。
(十二)本局電信業務及局內專線分機 之管理。
1.總機管理。
2.專線及行動號碼申請。
3.內線分機號碼管理。
(十三)辦公文具及用品管理、核發
(十四)員工餐廳團膳之管理
(十五)門禁管制及警衛之督導
(十六)本局與所屬機關辦公廳、宿舍等 不動產之取得、管理配置及租用等項。
(十七)本局與所屬機關辦公廳、宿舍新建、擴建、遷建等營繕工程之審查、協調及督導。
(十八)本局與所屬機關辦公廳、宿舍、財產、車輛管理之督導考核及工程施工查核。
四、出納科
(一)各類應付款項支票（國庫支票）繕發。
(二)核對銀行往來核帳清單，編制銀行存款基金帳登錄及差額解釋表。
(三)基金帳務收支暨大宗匯款及ETC收支、結購外匯、會計等事宜。
(四)各類收據每月盤點作業。
(五)薪資清冊造冊。
(六)點收現金、票據、有價證券等及開立收據入帳事宜。
(七)票據、有價證券（採購案件之公債、定存單、銀行或廠商保證書）之暫存保管及稽核製表、盤點及與業務單位勾稽彙整等作業。
(八)薪資、各項奬金及慰問金、月退休金發放等作業。
(九)共同供應採購電子支付相關事宜。
(十)執行網路銀行以網路轉帳交易及退匯重新匯款作業。
(十一)年終所得稅款申報
(十二)國庫機關專戶開戶、銷戶及更換戶名作業事宜。
(十三)現金運送保險事宜。
(十四)每日入帳結算之「現金結存及銀 行國庫存款日(旬.月)報表」等報表。
(十五)有價證券(本局專戶定期性存款 回單、廠商質設本局之定期存款存單及連帶保證金保證書等)回單、寄存證收入、退還等事宜。